Mesmo com sua localização elevada e única, o Templo Tokudaiji incorpora elementos tradicionais do jardim japonês. Este poço ou bacia de pedra é coberto com um "Yarai-futa (tampa de bambu)", uma forma funcional e bonita de proteger a água sagrada usada para rituais de purificação. O pagode de pedra em miniatura e a vegetação densa ao fundo proporcionam um contraste natural refrescante com o concreto e o néon do distrito de Ueno ao redor, oferecendo aos visitantes um momento de paz.